Bu küme düşüş sonrasında yönetim kurlu yeni kararlar alarak yollarına devam etmeye kara verdi.
Bu kararları bir bir yerine getiren, getirmeye de devam eden kulüp, 1. Amatör liginden takım olarak çekilme kararı aldı. 2012 – 2013 dönemde 2. Amatör Ligde top koşturacak olan takım bu süre içinde 250 ye yakın tamamı Beylikbağı’lı gençlerden oluşan futbolcular Beylikbağıspor çatısı altında futbol okulunda yetiştirilerek, Beylikbağıspor’u yine Beylikbağı gençlerine teslim edeceklerini dile getiren Beylikbağıspor Başkanı Ufuk Sarı "geçen sezon takımda 11 sporcumuzun sadece üçü Beylikbağı’lı diğer oyuncuların ise dışarıdan transfer edilmişti. Bu yüzden istenilen sonuç alalamadığımız kanaatine vardık. Yeni yönetim kurulunun almış olduğu bu kararla alt yapıya önem vererek Beylikbağıspor’da beyaz bir sayfa açacağız" dedi.